《秘密档案2》流程攻略
说明：
游戏继承了一代中道具繁多，用法“诡异”的特点，所以本攻略将需要用到的关键道具用红色标示。
Matthew Wakefield是Ashford教区的神父，这天他正准备去教堂，不料被两个黑衣人袭击，倒在了教堂的台阶前。
序幕英国剑桥
深夜，剑桥大学，Parrey主教正在看Matthew神父送来的神秘羊皮卷，主教本打算第二天请研究中世纪密码的专家William Patterson帮忙破译羊皮卷，这时警方来电告诉他Matthew的死讯，黑衣人也来到了剑桥，主教意识到自己难逃一劫，必须藏好羊皮卷。
主教身上有羊皮卷、钥匙、Matthew的信，拿起桌上的书，看下桌上的字条，把羊皮卷放进书里，将书藏到左边的书架上。主教自动进入里间，用钥匙打开左边的门进去，查看墙上的白板，调换一下Patterson和Forrester的演讲顺序，主教刚走出房间就不幸遇害。
第一章北海 游艇
Nina正和父亲通话，这时一位男子从Nina身边跑过，还问她是否乘船旅行。Nina未及回答，男子又跑开了，不过没跑几步就出车祸身亡。
在3号房间里，Nina发现自己的行李和William Patterson的搞混了，拿起行李下的溜冰鞋，走出房间。在过道和光头男聊聊后上楼梯到大厅，按服务台上的铃叫来服务生反映行李的事，随后一位中年乘客过来搭话……
筋疲力尽的Nina被敲门声惊醒，走出房门不见人影只见比基尼泳装和一张纸条。上楼到大厅把溜冰鞋装在玩具UFO上，把UFO推到地板污迹处。从服务台上可以拿点杏仁糖。向屏幕下方走，切换到全船场景，前往船尾的酒吧，拿起吧台上的冰桶，左边的躺椅边还有毛毯可拿。在吧台前的游泳池里用桶装满水。回到自己房间门口后往右走，拿起左边墙上的船桨和右边的电筒，组合毛毯、桶和船桨得到清洁工具。进左边的洗衣房，在水池边的肥皂机上使用清洁工具，就有肥皂了。
在3号房间门口，对天窗使用清洁工具，然后用电筒照亮天窗读到一些信息。洗衣间门口取下一幅诺亚方舟的画。在洗衣房把画放在蒸汽上熏一下，居然是Max的照片。到过道另一边的医务室前，把照片塞进门缝，医务室里有个叫Oskar的男孩，他无意中拿了Nina的行李。Nina回到3号房门口，听到里面传来说话声，冲出来的家伙把Nina撞昏在地。Nina从医务室醒来，得知有个叫Catherine Jordan的女人说Nina是自己昏倒的，Nina去餐厅质问Jordan为何撒谎，船长从中调停才平息两个女人的争执。
回房间后，Nina发现桌上的手提包不见了，她从行李箱取出白色浴袍、棒球帽和红袜子，把比基尼放进去。到服务台去反映包被偷了，进左边的餐厅，电视正在播Puritas Cordis教教主的演讲，她不耐烦的关掉电视，拿起桌上的玫瑰，往右走还有把开瓶器可拿。
前往酒吧，取下柱子上的海报、柜台上的CD和牙签、柜台前挂的救生圈。柜台上有几张门卡，不过还拿不走。和酒保聊聊电视和门卡，和泳池边的光头男谈话后拿起一支软管，问问打乒乓球的Oskar知不知道自己手提包的下落。向正在看书的Catherine打听手提包，这个蛮横的女人没给Nina好脸色看。
回到大厅，中年旅客又上来搭话，他称自己住5号房，而且知道昨晚发生的事情，并且约Nina晚上见面。在洗衣房门口遇到了正在等衣服Feng Li，走进洗衣房用开瓶器取下门边的铃，拿起篮子里的布后和Feng Li对话把他支走。把白色浴袍和红袜子放进洗衣机一起洗，得到粉红浴袍和红袜子。注意到甩干机坏了，在肥皂机上用软管得到一管肥皂。来到最上层甲板停机坪边，把浴袍和袜子放在排风扇上吹一会就干了。组合玫瑰、救生圈和布，得到一顶遮阳帽。到泳池边把装了肥皂的软管给光头男后拿起他身边的太阳镜，组合太阳镜、浴袍和遮阳帽得到一套伪装。在酒吧场景（泳池无效）给Nina换上伪装，向酒保索要Catherine的房间号。
到服务台发现桌上的呼叫铃坏了，餐厅门边的墙上有颗钉子，把铃和开瓶器放上去就可以敲响了。把海报给服务员引开他，在柜台上使用CD可以看到Catherine住2号房间，伪装后向酒保要得2号门卡。进入医务室边的2号房，捡起地上的杂志和床上的手提包，忽然有人进来，Nina赶紧躲到床下，一个男人打完电话后离开了2号房。
去酒吧质问Catherine手提包的事情，她竟然提出要杯酒。向酒保要“血腥玛丽”给她后，她终于如实招来，原来她昨晚看到了潜入Nina房间的人，但他们威胁不让她说出实情。Catherine说着说着晕了过去，被送到医务室后天也黑了，Nina准备赴那位中年乘客的约。来到餐厅，空无一人，从舷窗望去Nina看到医生被人打进海里。一大段剧情后，Nina从5号房的窗子看到假冒的医生，赶紧到上层甲板报告船长，可惜船长不相信。
在大厅看到Feng Li脖子上挂着3个相机，想借一个结果被拒。走进餐厅，把杂志放进墙上的空相框里，和光头男对话，他自我介绍叫Fleming Olsen，是个模型爱好者。在地上捡起一张锡箔，将牙签和杏仁糖分别用锡箔包好，再组合成原子模型，用模型向Fleming换得乐透球。再去与Feng Li谈话，装模作样的讨论一会摄影艺术，他同意帮Nina拍照，不过房间里的人背对着窗子。来到酒吧，酒保换成了服务台的服务员，他受不了在一旁不停敲手鼓的Oskar，于是Nina用乐透球和小孩换得了手鼓。经过服务员同意拿起柜台上耳机形状的MP3播放器。把MP3放在服务台的麦克风上，5号房里的人终于转身了，再和Feng Li对话就可以拍得此人照片。Nina立刻把证据拿给船长看，不料却给Catherine和船长带来杀生之祸，生死关头中年乘客救了Nina，可就在这时……